Основные фонды музея также посвящены морякам. В 1941 году Марфино было наиболее близким пунктом Мытищинского района к линии фронта. В селе базировалась 64 отдельная стрелковая бригада, которая принимала участие в боевых действиях. Здесь погиб лётчик Василий Балмат. В окрестных лесах до сих пор находят осколки снарядов. «Формирование экспозиции и началась с поиска моряков 64-й бригады, - пояснила руководитель музея Марина Хачатурова. – Они были частыми гостями школы. Музею подарили форму командующего бригадой генерал-полковника Чистякова, якорь и рынду - корабельный колокол». Сейчас фонды музея в основном пополняются находками поисковых отрядов, которые работают не только в окрестностях села Марфино, но и на Смоленшине, в Тверской и Лениградской областях.
По мнению Андрея Гореликова, «музей Марфинской школы – один из лучших школьных музеев городского округа Мытищи. Здесь собран большой материал, идёт постоянная поисковая работа, поддерживается связь поколений. 9 мая в акции «Бессмертный полк» приняли участие внуки и правнуки тех людей, портреты которых представлены на музейных стендах. Дети каждый день идут в школу и видят памятник герою России, лейтенанту Балмату. Таким образом, происходит соприкосновение времён, а это - самое главное в воспитательной патриотической работе».